São José do Rio Claro esta na área de transição entre o cerrado e a Floresta Amazônica, localizada ao Sul da Amazônia mato-grossense a 320 Km de Cuiabá. O município foi desmembrado do município de Diamantino.
Em 1953 houve a primeira tentativa de colonização da região partindo a iniciativa do Deputado Anísio José Moreira e do Sr. Tarley Rossi Vilela proprietários de uma área territorial (hoje Fazenda Rio Parecis).
Em 1954, com lotes adquiridos do Estado, os Srs. Jacinto Borges e Anísio Castilho instalaram a Gleba Massapé que pouco depois, passou a se chamar São José do Rio Claro em virtude da devoção que ambas as famílias tinham por São José e pelo rio Claro que passa próximo a cidade.
Quatro anos mais tarde (1958), iniciou-se o desmatamento da região, surgindo as primeiras construções locais. No ano seguinte foi celebrado a primeira Missa pelo Padre Jacob Teodoro Weber.
Em 1966 os desbravadores paranaenses Domingos Briante e Pedro Coelho Portilho incentivados pelo vigor da floresta Amazônica e a ocorrência de palmitais foram procurar os donos da Gleba e a adquiriram, onde delinearam e lotearam a área urbana. Com a comercialização desses lotes houve um sensível aumento populacional.
Em 17 de junho de 1972, foi criado e implantado na região o PROBOR – Programa de Incentivo à Produção de Borracha Natural, com larga aceitação pelos agricultores locais. Os vastos seringais que se formavam, acrescidos às árvores nativas, deram à cidade o título de “Capital da Borracha”.
Em 04 de junho de 1976, através da Lei nº 3.734, São José do Rio Claro passou a ser Distrito de Diamantino e três anos depois, em 20/12/79, pela Lei nº 4.161 na gestão governamental do Dr. Frederico Campos, foi criado o Município com o nome de Rio Claro, todavia, desagradou a população, ocasionando, em 19/11/86, a criação do Decreto-Lei nº 4.294, através do qual a cidade voltou a se chamar São José do Rio Claro.
A criação do município, contudo, não implicou em sua instalação, continuando sob jurisdição político-adminstrativa da Prefeitura Municipal de Diamantino. Em 31/01/81, o então Governador Frederico Campos nomeou o primeiro administrador da cidade, Sr. José Garcez Munhon, tomando posse em 02/02/81 e administrou até 31/01/83.
A criação do município, contudo, não implicou em sua instalação, continuando sob jurisdição político-adminstrativa da Prefeitura Municipal de Diamantino. Em 31/01/81, o então Governador Frederico Campos nomeou o primeiro administrador da cidade, Sr. José Garcez Munhon, tomando posse em 02/02/81 e administrou até 31/01/83.
A prefeitura de São José do Rio Claro foi instalada em 02/05/81 e já nas eleições nacionais de 15/11/82 São José do Rio Claro elegeu seu primeiro prefeito, Dr. Lourival Rezende Monteiro, que tomou posse em 15/03/83 e governou até 31 de dezembro de 1988, sendo sucedido por Aparecido Briante 1989/1992, Nelson Hubner Buss 1993/1996, Aparecido Briante 1997/2000, Nelson Hubner Buss 2001/2003, Massao Paulo Watanabe 2005/2008 e, atualmente Massao Paulo Watanabe, sendo reeleito para o mandato 2009/2012.
